El municipio de Villasequilla se localiza en la zona central de la provincia de Toledo, en el inicio de la zona de la Mancha toledana, y al este de la capital regional y provincial. cuenta con una superficie catastral de 7.243 hectáreas (72,43 Km2), lo que supone tener una superficie media de los municipios de la provincia, y su término municipal limita:
Al sur con Villamuelas.
Al este con Huerta de Valdecarábanos.
Al norte con Yepes.
Al oeste con Yepes y Almonacid.
El municipio de Yepes lo separa del municipio de Aranjuez, en su extremo de la provincia de Madrid, por donde discurre el río Tajo. El municipio dista 20 kilómetros de la capital provincial y regional y se encuentra a 80 kilómetros de la capital nacional.
El municipio está atravesado por el arroyo Melgar, que cruza del este al oeste, y pertenece a la cuenca del río Tajo.
Se encuentra el casco urbano concentrado en el centro del municipio a una altitud entre 686 y los 495 metros, El núcleo urbano esta entre las cotas 525 y 510 y dista 28 kilómetros de la capital de la provincia. El punto más elevado corresponde con el Rincón de Román situado al norte del término de Villasequillla, en el límite con el municipio de Yepes.
Los accidentes geográficos de cierta importancia corresponden únicamente con el arroyo Melgar y con las zonas más elevadas al norte del municipio. El resto del municipio presenta una topografía ondulada con pequeñas oscilaciones altimétricas, y una depresión en el arroyo citado, que ocasiona problemas de drenaje en algunos momentos. Los desniveles van al igual que el Melgar desde el norte y el sur hacia el centro del municipio.
Dentro del municipio existe un único núcleo urbano donde reside el más del 95% del total de la población.
La población está perfectamente comunicada. La carretera autonómica CM-4004 une el municipio con la carretera nacional N-400 también da acceso a esta carretera la autonómica CM-4006 que en la otra dirección une el municipio con Huerta de Valdecarábanos. La carretera provincial TO-2111 nos lleva a Villamuelas.
Otra via de comunicación es la línea férrea Madrid-Andalucia. La estación fue inaugurada el 12 de septiembre de 1853 y está situada al noroeste del núcleo urbano siendo la carretera CM-4004 la que le da acceso.
Comunidad autónoma y Provincia
Villasequilla es una población situada en la comunidad autónoma de Castilla la Mancha. La extensión territorial de Castilla-La Mancha es de 79.230,60 Km2, 15,6 % de la superficie de España y su población de 1.734.261 habitantes en 2000, con una densidad territorial de 21,88 hab/Km2, hallándose a gran diferencia de la media nacional de España que se sitúa en los 79,74 hab./Km2.
La Región Castellano-Manchega, no obstante, en los últimos años ha visto disminuir sus tasas de emigración apuntando una tendencia a la estabilización de la población sobre el territorio debido en gran parte a las políticas de desarrollo regional.
La provincia de Toledo limita al Norte con la de Madrid y Ávila, al Sur con la de Ciudad Real, al Este con la de Cuenca y al oeste con la de Cáceres. La provincia es de forma alargada, en sentido de los paralelos, teniendo una distancia media de 170 Km, mientras que en los meridianos la media es de 73 Km y un perímetro de 848 Km., y está situada al noroeste de la comunidad de Castilla-La Mancha y prácticamente en el centro de la Península Ibérica.
Los 15.368 Km2 de la provincia de Toledo se levantan sobre una llanura de unos 600 metros de altitud media. A la derecha del Tajo, que lo atraviesa de norte a sur, la pendiente es del 2 por mil, con amplios campos, suaves, ondulaciones por donde descienden ríos y arroyos en anchas vegas, en contraposición con la margen izquierda, en la que el terreno se eleva de forma rápida, abrupta que va a extenderse al Sur una gran zona montañosa, con ásperas torrenteras, quebradas y hondas gargantas, cuya pendiente viene a alcanzar 60 por mil. A 200 m sobre el río y 3000 de distancia cesan las pendientes rápidas y aparece una pendiente de suaves ondulaciones, interrumpida en la dirección del río por una serie de cerros aislados.
Los Montes de Toledo, localizados al Sur a lo largo de la provincia poseen el cerro Rocigalgo (1441 m), altitud máxima de la provincia de Toledo. El relieve de la provincia se completa con la sierra de San Vicente en el noroeste, que sale de la Cordillera Central de Credos hacia Talavera. Es frecuente observar que la acción erosiva haya hecho desaparecer por desgaste las pizarras arcillosas, dejando descubiertas las cuarcitas, constituyendo montañas de gran resistencia a la erosión. En los lugares donde afloran los granitos no son raras las piedras caballeras.
El río Tajo la atraviesa de este a oeste por el centro de la provincia dividiéndose en dos partes casi iguales, con un recorrido aproximado de 300 Kilómetros y cuenta con una pendiente media inferior al uno por mil. Su recorrido en la provincia corresponde al tramo medio de su curso. Circula por terrenos terciarios y amplios valles. Teniendo a veces orillas escarpadas como al llegar a la capital Toledo, que se encaja en terrenos metamórficos, y al llegar a Puente del Arzobispo lo hará entre granitos, pizarras y cuarcitas. Los afluentes de la margen derecha del río Tajo son más largos y caudalosos que los de la izquierda. En aquellos afluentes están los ríos Jarama, Guadarrama, Alberche y Tietar. Entre los afluentes de la margen izquierda, que son más numerosos y ninguno rebasa los límites de la provincia, destacan por su importancia los ríos Algodor, Torcón y Pusa.
Dentro de las actuaciones existentes en la cuenca del Tajo para el aprovechamiento de sus aguas existe la acequia del Tajo, el canal del Jarama, los embalses del Torcon, de Guajaraz, de Cazalegas en el Alberche, de Portiñar en Talavera y de Rosarito en el Tietar. Una parte de la zona y oeste de la provincia de Toledo está dentro de la cuenca del río Guadiana. Dentro de esta cuenca hay que destacar los diversos afluentes, entre los que destacan los ríos Cigüela con sus afluentes Riansares y Amarguillo en la comarca de La Mancha. En esta misma cuenca y en la zona de los montes de Toledo existen algunos afluentes como son el Bullaque y el Estena.
La provincia de Toledo está atravesada por tres grandes radiales que saliendo de Madrid unen Albacete y Alicante comoA-3, Andalucía como A-4 y Extremadura como A-5. También existe la autovía Madrid-Toledo, denominada A-42 y diversas autopistas de peaje como la AP-41 (Madrid-Toledo), AP-4 (Andalucía) y diversas carreteras nacionales, autonómicas y provinciales. La provincia es atravesada de norte a sur por el ferrocarril Madrid-Lisboa, Madrid-Andalucía y por el tren de alta velocidad Madrid-Sevilla.